검은 정장, 하얀 셔츠, 붉은색 넥타이가 트레이드 마크이며 한치의 오차도 없는 정확함과 단호함, 그리고 긍지를 가지고 있는 프로페셔널 킬러 '에이전트 47'. '니카'라는 여자를 암살하라는 지령을 받지만 이내 그를 음모에 빠뜨리기 위한 계략이라는 것을 알게 되고 러시아 군대와 인터폴에 쫓기는 신세가 된다. 이에 '에이전트 47'은 배후를 밝혀 내기 위해 고군분투를 벌이는데 이런 과정에서 '니카'를 향한 낯선 감정에 혼란을 겪게 된다.